Trabalhos

Trabalhos do Programa de Pós-Graduação em Bioinformática

Data de defesa	Título	Aluno	Orientador	Nível
11/05/2023	A expressão de Epirregulina e o papel dual dos macrófagos pró-inflamátorios no microambiente tumoral de Carcinoma Pulmonar de Células Não Pequenas	Vinícius Jardim Carvalho	André Fujita	Doutorado
28/04/2023	Microbiomas de Esponjas do Sistema Recifal Amazônico	Ana Carolina dos Santos Soares	João Carlos Setubal	Doutorado
16/12/2022	Diversidade taxonômica e funcional da microbiota de fezes de macacos bugios (Alouatta spp.) de cativeiro e vida livre.	Raquel Riyuzo de Almeida Franco	Aline Maria da Silva	Doutorado Direto
01/12/2022	Análise genômica comparativa e evolutiva do genoma do monoxeno Blechomonas sp. TCC303E	José Franklin Calderón Tantaleán	João Marcelo Pereira Alves	Mestrado
28/11/2022	COMPARAÇÃO DE VARIANTES RARAS HERDADAS E DE NOVO A PARTIR DE DADOS DO EXOMA DE TRANSTORNO DO ESPECTRO DO AUTISMO E TRANSTORNO DO DÉFICIT DE ATENÇÃO/HIPERATIVIDADE	Cleiton Figueiredo Osorio da Silva	Helena Paula Brentani	Mestrado
11/11/2022	Mapeamento e estudo de associação de Variações no Número de Cópias de DNA (CNVs) e de Regiões com Perda de Heterozigozidade (LOH) com Fenótipos Complexos	Camila Alves de Souza	Julia Maria Pavan Soler	Mestrado
27/09/2022	Investigações sobre os mecanismos moleculares da angiogênese com base em dados de expressão gênica num modelo murino, e sua aplicação no prognóstico do câncer de mama	Jhonatas Sirino Monteiro	João Carlos Setubal	Doutorado
24/08/2022	Evolução convergente in silico revela princípios morfológicos da locomoção direcionada no solo	Renata Biaggi Biazzi	André Fujita	Mestrado
17/05/2022	Avaliação da influência genética no microbioma intestinal de crianças trigêmeas através da análise de dados de sequencias de rRNA 16S.	Ondina Fonseca de Jesus Palmeira	João Carlos Setubal	Mestrado
12/05/2022	Perfil de expressão dos circRNAS no câncer Colorretal	Vanessa Galdeno Freitas	Pedro Alexandre Favoretto Galante	Mestrado
14/04/2022	Recuperação de MAGs de alta qualidade em dados metagenômicos tempo seriado e desenvolvimento de FixAME: uma ferramenta auxiliar de curadoria de erros de montagem genômica	Livia Maria Silva Moura	João Carlos Setubal	Doutorado
09/03/2022	ESTUDOS DE BIOINFORMÁTICA ESTRUTURAL DA PROTEÍNA NÃO ESTRUTURAL 1 DO VÍRUS ZIKA E SUAS INTERAÇÕES MOLECULARES	Sergio Alejandro Poveda Cuevas	Fernando Luis Barroso da Silva	Doutorado
03/03/2022	Análise comparativa de genomas de quatro estirpes de Xanthomonas albilineans e prospecção de genes alvo para estudos de associação a fenótipos conhecidos	Raquel Paulini Miranda	Marie Anne van Sluys	Doutorado Direto
22/02/2022	Electroencephalographic fingerprints of statistical model selection by the brain	Fernando Araujo Najman	Jefferson Antonio Galves	Doutorado
14/02/2022	Comparação de redes de microRNAs placentários de primigestas submetidas a intervenção psicossocial	Rayssa Maria de Melo Wanderley Feitosa	Helena Paula Brentani	Mestrado
28/01/2022	Predição em sequências de vírus de procariotos através da aplicação de técnicas de aprendizado de máquina em dados metagenômicos	Deyvid Emanuel Amgarten	João Carlos Setubal	Doutorado
26/01/2022	O genoma da alga vermelha Gracilaria domingensis (Rhodophyta, Gracilariales)	Natalia Nakamura Gouvea	João Carlos Setubal	Mestrado
26/01/2022	Pipeline OligoY para desenho de sondas oligopaint do cromossomo Y incluindo sequências repetitivas	Isabela Pimentel de Almeida	Maria Dulcetti Vibranovski	Mestrado
04/01/2022	Genes colocalizados: estudo de mútua regulação de biogênese entre genes codificadores e não codificadores	Felipe Rodolfo Camargo dos Santos	Pedro Alexandre Favoretto Galante	Doutorado Direto
20/12/2021	Análise de dependência entre posições de bases de sequências motivos de fatores de transcrição aplicada à comparação de modelos baseados em Position Weight Matrix e Gramática Regular Estocástica	Guilherme Miura Lavezzo	Ariane Machado Lima	Mestrado
24/11/2021	Desenvolvimento baseado em modelos de serviços adaptadores para ferramentas de bioinformática	Ricardo Cacheta Waldemarin	Clever Ricardo Guareis de Farias	Doutorado
08/09/2021	Metodologia para caracterização computacional de genes codificadores de proteínas hipotéticas em Leishmania braziliensis	Alef Janguas da Costa	Angela Kaysel Cruz	Mestrado
02/09/2021	MAGset:uma ferramenta para comparação de genomas recuperados de dados metagenômicos e sua aplicação para melhoria de suas montagens	Fábio Beltrame Sanchez	João Carlos Setubal	Mestrado
29/07/2021	Investigação sistêmica da regulação de transcritos codificadores de transposases pela chaperona SmAP1 em Halobacterium salinarum	Alan Péricles Rodrigues Lorenzetti	Tie Koide	Doutorado
20/07/2021	Meta-análise do efeito da elevada concentração de CO2 atmosférico em espécies neotropicais	Janaina da Silva Fortirer	Marcos Silveira Buckeridge	Mestrado
06/07/2021	Integração de Bases de Dados Administrativos com Ferramentas Genômicas	José Deney Alves de Araújo	Helder Takashi Imoto Nakaya	Doutorado
08/06/2021	Classificação e evolução de SBPs em contexto de transdução de sinal: Interação entre SBPs e Cache	Aureliano Coelho Proença Guedes	Robson Francisco de Souza	Mestrado
30/03/2021	Análise e Reconhecimento de Padrões em Feixes Vasculares Vegetais	Juliana Virginio da Silva	Luciano da Fontoura Costa	Mestrado
19/03/2021	Simulation of Biochemical Systems Using Constraint-Based Methods and Complex Networks	Paulo Eduardo Pinto Burke	Luciano da Fontoura Costa	Doutorado
19/03/2021	Transcriptômica de autismo e deficiências intelectuais: uma abordagem de biologia de sistemas para identificar especificidades e convergências	Bruna Garbes Gonçalves Pinto	Helder Takashi Imoto Nakaya	Mestrado
19/01/2021	Composição microbiana de inóculo e do composto maduro no processo de compostagem do Zoológico de São Paulo avaliada por meio de metagenômica	Suzana Eiko Sato Guima	João Carlos Setubal	Mestrado
09/11/2020	Identificação por phage display de candidatos vacinais para esquistossomose mansônica baseada na auto-cura de macacos rhesus (<i>Macaca mulatta</i>)	João Vicente de Morais Malvezzi	Sergio Verjovski de Almeida	Mestrado
28/09/2020	Imunologia do Câncer de Melanoma Cutâneo: Uma Abordagem de Biologia de Sistemas	Mindy Stephania de Los Angeles Muñoz Miranda	Helder Takashi Imoto Nakaya	Doutorado Direto
08/09/2020	Comparação de redes de regulação genica da placenta em resposta a exposição ao estresse entre sexos	André Rocha Barbosa	Helena Paula Brentani	Doutorado
19/08/2020	Análise e reconhecimento da forma tripomastigota de Trypanosoma cruzi para parasitemia automatizada em imagens com baixa densidade de pontos	Diogo Matos da Silva	Helder Takashi Imoto Nakaya	Mestrado
29/05/2020	Analise integrada de alterações somáticas e transcricionais em tumores de pâncreas	Diogo Vieira da Silva Pellegrina	Eduardo Moraes Rego Reis	Doutorado
31/03/2020	Detecção de populações em dados de sequenciamento de RNA de células individuais por meio de módulos de coexpressão	Tiago Lubiana Alves	Helder Takashi Imoto Nakaya	Mestrado
23/03/2020	Identificação e anotação de RNAs longos não-codificantes em Schistosoma mansoni e Schistosoma japonicum	Lucas Ferreira Maciel	Sergio Verjovski de Almeida	Mestrado
30/10/2019	Regulação pós-transcricional em Halobacterium salinarum NRC-1: caracterização do gene VNG_RS05855	Junier Marrero Gutierrez	Tie Koide	Doutorado
25/10/2019	GTACG: Um arcabouço computacional focado em genômica comparativa de bactérias de um mesmo ramo evolutivo	Caio Rafael do Nascimento Santiago	Luciano Antonio Digiampietri	Doutorado
21/10/2019	Genômica comparativa aplicada no estudo da invasividade de Streptococcus pyogenes	Suzane de Andrade Barboza	Luciano Antonio Digiampietri	Mestrado
27/09/2019	Genômica comparativa e filogenômica de <i>Xylella fastidiosa</i>	Guillermo Uceda Campos	Aline Maria da Silva	Mestrado
04/09/2019	Análise comparativa do genoma de bacteriófagos isolados da compostagem e estudo dos determinantes de sua interação com Pseudomonas aeruginosa	Fernando Pacheco Nobre Rossi	Aline Maria da Silva	Mestrado
22/08/2019	Análise Estrutural de Sítios de Fosforilação em Proteína	Juan Enrique Faya Castillo	Paulo Sérgio Lopes de Oliveira	Mestrado
20/08/2019	Classificação Taxonômica de Sequências obtidas com Meta-ômicas por meio de Integração de Dados	Felipe Prata Lima	João Carlos Setubal	Doutorado
09/08/2019	Herdabilidade e Estudo de Associação Genômica Ampla (GWAS) de Atividade Física Autorreportada - uma investigação de famílias brasileiras	Jean Michel Rocha Sampaio Leite	Julia Maria Pavan Soler	Mestrado
05/08/2019	Análise transcritômica de amostras humanas naturalmente infectadas por Chikungunya Virus	Natália Baptista Cruz	Helder Takashi Imoto Nakaya	Mestrado
02/08/2019	Uma abordagem integrada para a construção e utilização de HMMs de perfil para análises genômicas e metagenômicas	Liliane Santana Oliveira Kashiwabara	Arthur Gruber	Doutorado
12/07/2019	Análise transcritômica de macacos Rhesus durante infecção por Zika Vírus	Mariana Araújo Pereira	Helder Takashi Imoto Nakaya	Mestrado
10/07/2019	Rastreando arbovírus em ambientes silvestre e urbano	Marielton dos Passos Cunha	Paolo Marinho de Andrade Zanotto	Doutorado Direto
02/07/2019	Mineração de dados de anemia falciforme e priapismo	Mina Cintho Ozahata	João Eduardo Ferreira	Doutorado
04/06/2019	Papel do colágeno na síndrome congênita de Zika: uma abordagem de Biologia de Sistemas	Fábio Baldívia Pohl	Helder Takashi Imoto Nakaya	Mestrado
09/05/2019	Desenvolvimento de uma Ferramenta Computacional para Análise de Co-Expressão Gênica e sua Aplicação na Biologia de Sistemas	Pedro de Sá Tavares Russo	Helder Takashi Imoto Nakaya	Doutorado Direto
08/05/2019	Análise da Tetramerização da Proteína CD38 por meio de Docking Molecular	Jadson Carlos dos Santos	Silvana Giuliatti	Mestrado
27/03/2019	Ordenação evolutiva de genes	Pedro Ivo Gomes de Faria	João Carlos Setubal	Doutorado Direto
27/02/2019	Identificação e anotação funcional de novos transcritos com expressão alterada no câncer pancreático	Omar Julio Sosa	Eduardo Moraes Rego Reis	Doutorado Direto
22/02/2019	Construção e Aplicação de HMMs de Perfil para a Detecção e Classificação de Vírus	Miriã Nunes Guimarães	Arthur Gruber	Mestrado
07/02/2019	Predição de função para TSSaRNAs (transcritos associados a sitios de início de transcrição) em<i> Halobacterium salinarum</i> NRC-1	Yagoub Ali Ibrahim Adam	Ricardo Zorzetto Nicoliello Vencio	Doutorado Direto
13/12/2018	Usando Biologia de Sistemas para entender a Imunossenescência	Fernando Marcon Passos	Helder Takashi Imoto Nakaya	Mestrado
12/12/2018	Investigação de perfis microbianos humanos e sua relação com o câncer	Andrew Maltez Thomas	João Carlos Setubal	Doutorado
10/12/2018	Incorporação de evidências biológicas para a identificação de SNPs interferindo em sítios alvos de miRNAs	Paula Prieto Oliveira	Ariane Machado Lima	Doutorado
26/09/2018	Transcriptoma, Sítios de Ligação para Fatores de Transcrição e Região Promotora de cana-de-açúcar	Mauro de Medeiros Oliveira	Glaucia Mendes Souza	Doutorado
08/05/2018	Halobacterium salinarum NRC-1: Rede de Regulação Gênica e sua análise probabilística	Guilherme Martins Crocetti	Ricardo Zorzetto Nicoliello Vencio	Mestrado
03/05/2018	Genômica comparativa de tripanossomatídeos portadores de endossimbiontes e sua implicação no genoma de Angomonas ambiguus	Anderson Carvalho Morais	João Marcelo Pereira Alves	Mestrado
10/04/2018	Genômica Comparada e a Evolução da Defesa Química em Anfíbios	Denis Jacob Machado	Taran Grant	Doutorado
23/03/2018	Métodos de validação tradicional e temporal aplicados à avaliação de classificadores de RNAs codificantes e não codificantes	Clebiano da Costa Sá	Ariane Machado Lima	Mestrado
15/03/2018	Redes Neurais Residuais Profundas e Autômatos Celulares como Modelos para Predição que Fornecem Informação Sobre a Formação de Estruturas Secundárias Proteicas.	José Geraldo de Carvalho Pereira	Paulo Sérgio Lopes de Oliveira	Doutorado
08/02/2018	BioNetStat: Uma ferramenta para análise diferencial de redes biológicas	Vinícius Jardim Carvalho	Marcos Silveira Buckeridge	Mestrado
06/02/2018	Detecção de<i> Copy Number Variation (CNV)</i> e sua caracterização na população brasileira	Ana Cláudia Martins Ciconelle	Julia Maria Pavan Soler	Mestrado
14/12/2017	Systems Integration Tool: uma ferramenta para integração e visualização de dados em larga escala e sua aplicação em cana-de-açúcar	Amanda Rusiska Piovezani	Marcos Silveira Buckeridge	Doutorado
27/11/2017	Análise Transcricional de RNAs Não Codificadores Longos em Pacientes com Dengue	Matheus Carvalho Bürger	Helder Takashi Imoto Nakaya	Mestrado
24/11/2017	Análise do transcritoma de Haemophilus influenzae tipo b durante o processo de fermentação em biorreator	Carlos Eduardo Madureira Trufen	Anatoli Iambartsev	Mestrado
24/11/2017	Determinação pré-natal não invasiva de paternidade utilizando micro-haplótipos	Jaqueline Yu Ting Wang	Helder Takashi Imoto Nakaya	Mestrado
22/11/2017	Arquitetura genética dos genes codificadores de proteínas ligantes de RNA	Fernando Cipriano de Andrade Oliveira	André Fujita	Doutorado
30/10/2017	Análise do transcritoma do mexilhão marrom (Perna perna) sob contaminação por antraceno	Jhonatas Sirino Monteiro	João Carlos Setubal	Mestrado
27/10/2017	Predição Computacional de Sítios de Ligação de Fatores de Transcrição Baseada em Gramáticas Regulares Estocásticas.	Antonio Ferrão Neto	Ariane Machado Lima	Mestrado
20/10/2017	Modelagem e implementação de banco de dados clínicos e moleculares de pacientes com câncer e seu uso para identificação de marcadores em câncer de pâncreas	Ester Risério Matos Bertoldi	Eduardo Moraes Rego Reis	Mestrado
09/10/2017	Estruturas de Redes em Ossos ao longo do desenvolvimento	Cynthia Martins Villar Couto	Luciano da Fontoura Costa	Doutorado
10/08/2017	O papel de Transferência Horizontal de Genes na história evolutiva de duas classes de genes em bactérias	Luiz Thibério Lira Diniz Rangel	João Carlos Setubal	Doutorado
09/08/2017	"Uso de técnicas de reconhecimento de padrões e genetica para a predição de transtornos psiquiatricos da infância"	Walkiria Karla Resende	Helena Paula Brentani	Mestrado
08/08/2017	Identificação e análise<i> in silico</i> de ncRNAs empregando dados de RNA-seq em Leishmania.	Patrícia de Cássia Ruy	Angela Kaysel Cruz	Doutorado
04/08/2017	Alinhamento Múltiplo de Genomas de Eucariotos com Montagens Altamente Fragmentadas	George Willian Condomitti Epamino	João Carlos Setubal	Mestrado
12/06/2017	Caravela: um navegador para metagenomas	Gianluca Major Machado da Silva	João Carlos Setubal	Mestrado
02/06/2017	O transcritoma da retinopatia induzida por oxigênio e uma assinatura gênica prognóstica baseada em angiogênese para predição de recidiva de cancer de mama	Rodrigo Guarischi Mattos Amaral de Sousa	João Carlos Setubal	Doutorado
17/04/2017	Um modelo Bayesiano de Meta-Análise para dados de Chip-Seq	Pablo de Morais Andrade	Carlos Alberto de Braganca Pereira	Doutorado Direto
11/04/2017	LincRNAs fisicamente associados ao receptor de andrógeno modificam o perfil de marcas da cromatina vizinha e alteram a expressão gênica local	Lucas Ferreira da Silva	Sergio Verjovski de Almeida	Doutorado
10/04/2017	COARSE-GRAINED MODELING OF THE PROTEIN COMPLEXATION PHENOMENA	Sergio Alejandro Poveda Cuevas	Fernando Luis Barroso da Silva	Mestrado
21/02/2017	Análise de transcritomas de células de pacientes xeroderma pigmentosum após irradiação com luz UVA e estudo de retrocópias de genes de reparo	Francisco Ivanio Arruda Alves	Carlos Frederico Martins Menck	Mestrado
15/02/2017	A transcrição pervasiva na archaea Halobacterium salinarum NRC-1 e a identificação de novos transcritos	Felipe ten Caten	Tie Koide	Doutorado Direto
24/01/2017	Estudo por simulação computacional em larga escala da complexação de proteínas do leite	Lariani Aparecida Delboni	Fernando Luis Barroso da Silva	Mestrado
21/12/2016	Análise exploratória de genes compostos predominantemente por microexons arranjados em tandem em uma coleção de anotações de genomas	Bruno Ferreira de Souza	Sergio Verjovski de Almeida	Mestrado
09/12/2016	Análise computacional dos genomas de duas estirpes brasileiras de Bradyrhizobium de importância econômica	Gesiele Almeida Barros de Carvalho	Marie Anne van Sluys	Doutorado
18/11/2016	Análise computacional da diversidade viral presente na comunidade microbiana do processo de compostagem do Zoológico de São Paulo	Deyvid Emanuel Amgarten	João Carlos Setubal	Mestrado
17/11/2016	Análise do Metaboloma da Cana-de-Açúcar ao Longo do Ciclo de Maturação da Planta	Davi Toshio Inada	Glaucia Mendes Souza	Mestrado
13/10/2016	Estudo comparativo de duas estratégias utilizadas na busca de relações funcionais entre genes	Juan Manuel Vidal Garcia	André Fujita	Mestrado
06/10/2016	Origem de genes recentes, uma abordagem com PSSMs deterioradas e arquiteturas de domínio proteico	Diego Trindade de Souza	Sergio Russo Matioli	Doutorado
12/08/2016	Suporte ao desenvolvimento e à composição de serviços web semânticos para a análise de expressão gênica	Gabriela Der Agopian Guardia	Clever Ricardo Guareis de Farias	Doutorado Direto
08/08/2016	Uma Arquitetura de Question-Answering Instanciada no Domínio de Doenças Crônicas	Luciana Farina Almansa	Alessandra Alaniz Macedo	Mestrado
28/07/2016	Análise global da expressão de RNAs não codificadores no sistema imunológico humano na senescência e sepse	Diogo Vieira da Silva Pellegrina	Eduardo Moraes Rego Reis	Mestrado
15/07/2016	Bioinformática aplicada à biologia sistêmica para a identificação dos fatores regulatórios do acúmulo de sacarose no colmo da cana-de-açúcar	Fabrício Edgar de Moraes	Carlos Alberto Labate	Doutorado
25/05/2016	Desenvolvimento de um pipeline para anáise genômica de metilação do DNA	Henrique Cursino Vieira	Helena Paula Brentani	Mestrado
02/05/2016	Integração de dados na inferência de redes de genes: avaliação de informações biológicas e características topológicas	Fábio Fernandes da Rocha Vicente	Fabricio Martins Lopes	Doutorado
25/04/2016	Identificação <i>in silico </i>de ncRNAs no organismo modelo <i>Halobacterium salinarum</i> NRC-1	Marcos Abraão de Souza Fonseca	Ricardo Zorzetto Nicoliello Vencio	Doutorado
25/04/2016	Caracterização de sítios conformacionais de fosforilação em proteínas	Felipe Augusto Nunes Ferraz	Paulo Sérgio Lopes de Oliveira	Mestrado
20/04/2016	Caracterização e modelagem da atividade eletrofisiológica em pacientes com epilepsia	Abner Cardoso Rodrigues Neto	Koichi Sameshima	Doutorado
15/04/2016	Reconstrução da rede metabólica em escala genômica da bactéria Burkholderia sacchari	Paulo Moisés Raduan Alexandrino	André Fujita	Mestrado
29/03/2016	Desenvolvimento de um modelo biofísico para a descrição do processo de reparo de quebra-dupla em DNA	Aymara Martínez Aragón	Joao Dias de Toledo Arruda Neto	Doutorado Direto
18/03/2016	Processamento, extração de características e análise morfométrica automatizada de fibras mielínicas	Rômulo Bourget Novas	Joaquim Cezar Felipe	Mestrado
11/12/2015	Ferramenta computacional para análise integrada de dados clínicos e biomoleculares	Yuri Ferretti	Joaquim Cezar Felipe	Mestrado
03/12/2015	Implementação de abordagens computacionais para identificação de RNAs longos não codificadores envolvidos na diferenciação neural	Gabriel Francisco Zaniboni	Eduardo Moraes Rego Reis	Mestrado
30/11/2015	Algoritmos evolutivos aplicados na investigação da adaptabilidade do código genético	Lariza Laura de Oliveira	Renato Tinós	Doutorado
17/11/2015	Implementação de uma abordagem híbrida utilizando modelagem comparativa e<i> ab initio</i> para predição de estruturas tridimensionais de proteínas contendo múltiplos domínios com conectores flexíveis	Rodrigo Vargas Honorato	Paulo Sérgio Lopes de Oliveira	Doutorado Direto
13/10/2015	Análise de componentes esparsos locais com aplicações em ressonância magnética funcional	Gilson Vieira	Luíz Antonio Baccala	Doutorado
08/10/2015	Busca de variantes em sequência de DNA proveniente de pacientes com deficiência em processos de reparo do genoma	Livia Maria Silva Moura	Carlos Frederico Martins Menck	Mestrado
06/10/2015	Caracterização da estrutura e dinâmica das redes funcionais neurais durante um processo de indução anestésica	Eduardo Cocca Padovani	André Fujita	Mestrado
23/09/2015	Reconstrução e análise de genomas de bactérias de compostagem a partir de dados metagenômicos	Leandro Nascimento Lemos	João Carlos Setubal	Mestrado
21/09/2015	Suporte ao desenvolvimento e à integração de ontologias no domínio biomédico	Ricardo Cacheta Waldemarin	Clever Ricardo Guareis de Farias	Mestrado
02/09/2015	Exploração de espaços de parâmetros de modelos biológicos sob diferentes paradigmas estatisticos	Andre Chalom Machado de Oliveira	Paulo Inácio de Knegt López de Prado	Mestrado
21/08/2015	Análise computacional da variação do potencial metabólico microbiano em metagenomas	Deibs Barbosa	João Carlos Setubal	Doutorado
17/08/2015	Modelagem computacional de famílias de proteínas microbianas relevantes para produção de bioenergia	Fernanda Orpinelli Ramos do Rego	João Carlos Setubal	Mestrado
22/07/2015	Uma abordagem integrativa usando dados de interação proteína-proteína e estudos genéticos para priorizar genes e funções biológicas em transtorno de déficit de atenção e hiperatividade	Leandro de Araujo Lima	Helena Paula Brentani	Doutorado
30/06/2015	Uma abordagem de integração de dados de redes PPI e expressão gência para priorizar genes relacionados a doenças complexas	Sérgio Nery Simões	Ronaldo Fumio Hashimoto	Doutorado Direto
13/04/2015	Desenvolvimento da plataforma CaneRegNet para anotação funcional e análises do transcriptoma da cana-de-açúcar	Milton Yutaka Nishiyama Junior	Glaucia Mendes Souza	Doutorado Direto
04/02/2015	Utilização de informações termodinâmicas e estruturais na predição de sítios de ligação de receptores nucleares ao DNA: uma abordagem computacional	Ana Claudia Mancusi Valeije	Paulo Sérgio Lopes de Oliveira	Mestrado
05/12/2014	Caracterização de processos evolutivos de vírus de RNA a partir de padrões deixados nas filogenias virais	Caio César de Melo Freire	Paolo Marinho de Andrade Zanotto	Doutorado Direto
01/12/2014	Análise gênica de comorbidades a partir da integração de dados epidemiológicos	Karla Ferraz Néto	Evandro Eduardo Seron Ruiz	Mestrado
19/08/2014	Infraestrutura computacional para avaliação de similaridade funcional composta entre microRNAs baseada em ontologias	Mariana Yuri Sasazaki	Joaquim Cezar Felipe	Mestrado
15/05/2014	Framework para classificação das mutações de vírus HIV	Mina Cintho Ozahata	João Eduardo Ferreira	Mestrado
14/04/2014	Metodologia para integração de dados genômicos, transcriptômicos e epigenéticos de câncer de pênis	Fabio Albuquerque Marchi	Silvia Regina Rogatto	Doutorado Direto
12/12/2013	Explorando a complexidade do transcriptoma humano	José Eduardo Kroll	Sandro José de Souza	Doutorado
07/11/2013	Troost - Busca de interações entre trios de SNPs em estudos de associação de genoma inteiro	José Osório de Oliveira Azevedo Neto	Sergio Russo Matioli	Doutorado Direto
25/10/2013	Sifter-T: Um framework escalável para anotação filogenômica probabilística funcional de domínios protéicos	Danillo Cunha de Almeida e Silva	Ricardo Zorzetto Nicoliello Vencio	Mestrado
17/10/2013	Busca guiada de patentes de Bioinformática	Marcio Branquinho Dutra	Alessandra Alaniz Macedo	Mestrado
24/09/2013	Um filtro iterativo utilizando árvores de decisão	Oscar Picchi Netto	José Augusto Baranauskas	Mestrado
12/09/2013	SIMTar: uma ferramenta para predição de SNPs interferindo em sítios alvos de microRNAs	Amanda Rusiska Piovezani	Ariane Machado Lima	Mestrado
30/08/2013	Uma adaptação do método <i>Binary Relevance</i> utilizando árvores de decisão para problemas de classificação multirrótulo aplicado à genômica funcional	Erica Akemi Tanaka	José Augusto Baranauskas	Mestrado
27/08/2013	Uma abordagem para a construção de uma única árvore a partir de uma <i>Random Forest</i> para classificação de bases de expressão gênica	Thais Mayumi Oshiro	José Augusto Baranauskas	Mestrado
13/08/2013	Caracterização <i>in silico</i> e análise de expressão de RNAs não codificadores longos no genoma de eucariotos	Vinicius Ramos Henriques Maracajá Coutinho	Sergio Verjovski de Almeida	Doutorado Direto
24/06/2013	Análise<i> in silico</i> de regiões promotoras de genes de <i>Xylella fastidiosa</i>	Fernando Domingues Kümmel Tria	Aline Maria da Silva	Mestrado
17/06/2013	Método de apoio à pesquisa e ao diagnóstico clínico na identificação de acometimento em diferentes tipos de fibras musculares por meio de imagens histopatológicas	Marlon Polo de Melo	Joaquim Cezar Felipe	Mestrado
06/02/2013	Genômica translacional: integrando dados clínicos e biomoleculares	Newton Shydeo Brandão Miyoshi	Joaquim Cezar Felipe	Mestrado
25/10/2012	Estudo da poliadenilação alternativa: efeito dos polimorfismos nos elementos em <i>cis </i>no RNA e de transcritos em antissenso	Suzana Andreoli Marques Ezquina	Sandro José de Souza	Doutorado Direto
17/10/2012	Dinâmica da fermentação alcóolica: aplicação de redes booleanas na dinâmica de expressão gênica em linhagens de <i>Saccharomyces Cerevisiae</i> durante o processo fermentativo	Melline Fontes Noronha	Ronaldo Fumio Hashimoto	Mestrado
05/10/2012	Inovações em técnicas de alinhamentos múltiplos e predições de genes	Vitor Ferreira Onuchic	Alan Mitchell Durham	Mestrado
28/09/2012	Função de avaliação dinâmica em algoritmos genéticos aplicados na predição de estruturas tridimensionais de proteínas	Luís Henrique Uchida Ishivatari	Renato Tinós	Mestrado
17/07/2012	Auto-organização da população em sistemas imunológicos artificiais aplicada ao <i>docking</i> de proteínas	Helder Ken Shimo	Renato Tinós	Mestrado
29/05/2012	Método para auxiliar a interpretação de clusters de expressão gênica considerando sumarização automática	Daniane Silva de Paula	Alessandra Alaniz Macedo	Mestrado
23/05/2012	Descrição da proveniência de dados para extração de conhecimento em sistemas de informação de hemoterapia	Fernanda Nascimento Almeida	Ester Cerdeira Sabino	Doutorado
18/04/2012	Uma abordagem para a indução de árvores de decisão voltada para dados de expressão gênica	Pedro Santoro Perez	José Augusto Baranauskas	Mestrado
13/04/2012	Bioinformática aplicada em RNomics: estratégias computacionais para caracterização de RNAs não-codificadores	Alexandre Rossi Paschoal	Alan Mitchell Durham	Doutorado
13/04/2012	Uso de mapeamento conceitual para redução da descontinuidade semântica na recuperação de imagens microscópicas de carcinoma tireoidiano	Hugo César Pessotti	Alessandra Alaniz Macedo	Mestrado
02/04/2012	Análise computacional do genoma e transcritoma de <i>Plasmodium vivax</i>: contribuições da bioinformática para o estudo da malária	Bruna Renata Silva Corrêa	Ricardo Zorzetto Nicoliello Vencio	Mestrado
06/03/2012	Representação paramétrica de famílias de redes booleanas que produzem ondas de propagação	Ubiratan Augusto Lima	Junior Barrera	Mestrado
15/12/2011	Uma abordagem baseada em ontologias e conectores para a integração semântica de ferramentas de análise de expressão gênica	Flavia Akemi Miyazaki	Clever Ricardo Guareis de Farias	Mestrado
28/11/2011	Auxílio na prevenção de doenças crônicas por meio de mapeamento e relacionamento conceitual de informações em biomedicina	Juliana Tarossi Pollettini	Alessandra Alaniz Macedo	Mestrado
24/11/2011	Método para processamento e análise computacional de imagens histopatológicas visando apoiar o diagnóstico de câncer de colo de útero	Gisele Helena Barboni Miranda	Joaquim Cezar Felipe	Mestrado
08/07/2011	Modelagem matemática-computacional da conectividade cerebral em ressonância magnética funcional para o estudo do estado de repouso	Gilson Vieira	Luíz Antonio Baccala	Mestrado
25/05/2011	Desenvolvimento de um algoritmo para identificação e caracterização de cavidades em regiões específicas de estruturas tridimensionais de proteínas	Saulo Henrique Pires de Oliveira	Paulo Sérgio Lopes de Oliveira	Mestrado
20/05/2011	Uso de estratégias baseadas em conhecimento para algoritmos genéticos aplicados à predição de estruturas tridimensionais de proteínas	Lariza Laura de Oliveira	Renato Tinós	Mestrado
20/04/2011	Canalização: fenótipos robustos como consequência de características da rede de regulação gênica	Vitor Hugo Louzada Patricio	Ronaldo Fumio Hashimoto	Mestrado
21/02/2011	Redes complexas de expressão gênica: síntese, identificação, análise e aplicações	Fabricio Martins Lopes	Roberto Marcondes Cesar Junior	Doutorado
03/11/2010	Seleção natural no vírus da hepatite C: influência do sistema imune na resposta ao tratamento	Artur Trancoso Lopo de Queiroz	Sergio Russo Matioli	Doutorado Direto
29/07/2010	Medidas de dependência entre séries temporais: estudo comparativo, análise estatística e aplicações em neurociências	Carlos Stein Naves de Brito	Koichi Sameshima	Mestrado
16/04/2010	Aplicação de métodos estatísticos e computacionais para o estudo da cis-regulação da expressão gênica	Marcio Augusto Afonso de Almeida	Paulo Sérgio Lopes de Oliveira	Doutorado Direto
11/02/2010	Identificação de transferência gênica horizontal em procariotos, estudo do regulon SOS de <i>Caulobacter crescentus</i> e análise estatística de colocalização de posições genômicas	Apuã César de Miranda Paquola	Carlos Frederico Martins Menck	Doutorado Direto
01/12/2009	Abordagem algébrica para seleção de clones ótimos em projetos genomas e metagenomas	Mauricio Egidio Cantão	Eliana Gertrudes Macedo Lemos	Doutorado Direto
12/05/2009	Planejamento, gerenciamento e análise de dados de microarranjos de DNA para identificação de biomarcadores de diagnóstico e prognóstico de cânceres humanos	Ana Carolina Quirino Simões	Aline Maria da Silva	Doutorado Direto
06/05/2009	Técnicas para análise do crescimento e movimento das células neurais	Leandro Carrijo Cintra	Luciano da Fontoura Costa	Doutorado Direto
15/01/2009	Medidas de fluxo de informação com aplicação em neurociência	Daniel Yasumasa Takahashi	Koichi Sameshima	Doutorado Direto
11/12/2008	Análise da via de regulação gênica por ácido retinóico: uma abordagem por bioinformática e biologia estrutural	Tiago José Paschoal Sobreira	Paulo Sérgio Lopes de Oliveira	Doutorado Direto
02/12/2008	Identificação<i> in-silico </i>de genes humanos submetidos à expressão alélica diferencial	Jorge Estefano Santana de Souza	Sandro José de Souza	Doutorado Direto
25/09/2008	Morfometria computacional de frangos de corte submetidos a duas dietas distintas: suplementação mineral quelada versus suplementação mineral tradicional	Rafael Carvalho de Oliveira	Marcelo Emílio Beletti	Doutorado Direto
03/09/2008	Métodos estatísticos para a análise de bibliotecas digitais de expressão gênica	Leonardo Varuzza	Carlos Alberto de Braganca Pereira	Doutorado Direto
13/05/2008	Sistema colaborativo para armazenamento e análise de dados de HIV	Luciano Vieira de Araújo	João Eduardo Ferreira	Doutorado
25/04/2008	Modelos discretos para sistemas de sinalização celular baseados no contato célula-célula	Luiz Carlos da Silva Rozante	Marco Dimas Gubitoso	Doutorado
14/04/2008	Representação de sistemas biológicos a partir de sistemas dinâmicos: controle da transcrição a partir do estrógeno	Marcelo Ris	Junior Barrera	Doutorado
14/02/2008	Análise computacional da expressão gênica no parasita protostomado Schistosoma mansoni.	Thiago Motta Venancio	Sergio Verjovski de Almeida	Doutorado
20/12/2007	Métodos computacionais para a caracterização e análise da relação entre anatomia e expressão gênica em sistemas biológicos.	Bruno Augusto Nassif Travençolo	Luciano da Fontoura Costa	Doutorado Direto
10/12/2007	Bioinformática estrutural de proteínas modificadas por eventos de splicing alternativo	Elza Helena Andrade Barbosa Durham	Sandro José de Souza	Doutorado
03/10/2007	Seleção de modelos através de um teste de hipótese genuinamente Bayesiano: misturas de normais multivariadas e hipóteses separadas	Marcelo de Souza Lauretto	Julio Michael Stern	Doutorado
03/10/2007	"Seleção de modelos através de um teste de hipótese genuinamente Bayesiano: misturas de normais multivariadas e hipóteses separadas"	Marcelo de Souza Lauretto	Julio Michael Stern	Doutorado
10/08/2007	"Análise de dados de expressão gênica: normalização de microarrays e modelagem de redes regulatórias"	André Fujita	Carlos Eduardo Ferreira	Doutorado Direto
27/06/2007	Modelagem do controle gênico do ciclo celular por redes genéticas probabilísticas	Nestor Walter Trepode	Junior Barrera	Doutorado
30/05/2007	"Fatores moleculares da determinação do sexo e casta e evolução de famílias multigênicas na abelha eusocial Apis mellifera"	Alexandre dos Santos Cristino	Zila Luz Paulino Simoes	Doutorado
16/05/2007	Implicações funcionais de eventos de splicing alternativo no proteoma humano	Fabio Passetti	Paulo Sérgio Lopes de Oliveira	Doutorado
23/03/2007	Métodos estatísticos para a análise de dados de cDNA microarray em um ambiente computacional integrado	Gustavo Henrique Esteves	Eduardo Jordao Neves	Doutorado
19/01/2007	Cadeias estocásticas parcimoniosas com aplicações à classificação e filogenia das seqüências de proteínas	Florencia Graciela Leonardi	Jefferson Antonio Galves	Doutorado Direto
16/01/2007	Análise e reconhecimento digital de formas biológicas para o diagnóstico automático de parasitas do gênero Eimeria	Cesar Armando Beltran Castañon	Arthur Gruber	Doutorado
20/12/2006	Predição de RNAs não codificantes e sua aplicação na busca do componente RNA da telomerase	Ariane Machado Lima	Alan Mitchell Durham	Doutorado
09/11/2006	Um novo modelo para cálculo de probabilidade de paternidade - concepção e implementação	Fábio Nakano	Carlos Alberto de Braganca Pereira	Doutorado
01/09/2006	Análise estatística na interpretação de imagens: microarranjos de DNA e ressonância magnética funcional	Ricardo Zorzetto Nicoliello Vencio	Carlos Alberto de Braganca Pereira	Doutorado