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Trabalhos do Programa de Pós-Graduação em Bioinformática

Data de defesa Título Aluno Orientador Nível
17/05/2022 Avaliação da influência genética no microbioma intestinal de crianças trigêmeas através da análise de dados de sequencias de rRNA 16S. Ondina Fonseca de Jesus Palmeira João Carlos Setubal Mestrado
12/05/2022 Perfil de expressão dos circRNAS no câncer Colorretal Vanessa Galdeno Freitas Pedro Alexandre Favoretto Galante Mestrado
14/04/2022 Recuperação de MAGs de alta qualidade em dados metagenômicos tempo seriado e desenvolvimento de FixAME: uma ferramenta auxiliar de curadoria de erros de montagem genômica Biblioteca Digital da USP Livia Maria Silva Moura João Carlos Setubal Doutorado
09/03/2022 ESTUDOS DE BIOINFORMÁTICA ESTRUTURAL DA PROTEÍNA NÃO ESTRUTURAL 1 DO VÍRUS ZIKA E SUAS INTERAÇÕES MOLECULARES Sergio Alejandro Poveda Cuevas Fernando Luis Barroso da Silva Doutorado
03/03/2022 Análise comparativa de genomas de quatro estirpes de Xanthomonas albilineans e prospecção de genes alvo para estudos de associação a fenótipos conhecidos Biblioteca Digital da USP Raquel Paulini Miranda Marie Anne van Sluys Doutorado Direto
22/02/2022 Electroencephalographic fingerprints of statistical model selection by the brain Fernando Araujo Najman Jefferson Antonio Galves Doutorado
14/02/2022 Comparação de redes de microRNAs placentários de primigestas submetidas a intervenção psicossocial Rayssa Maria de Melo Wanderley Feitosa Helena Paula Brentani Mestrado
28/01/2022 Predição em sequências de vírus de procariotos através da aplicação de técnicas de aprendizado de máquina em dados metagenômicos Deyvid Emanuel Amgarten João Carlos Setubal Doutorado
26/01/2022 O genoma da alga vermelha Gracilaria domingensis (Rhodophyta, Gracilariales) Natalia Nakamura Gouvea João Carlos Setubal Mestrado
26/01/2022 Pipeline OligoY para desenho de sondas oligopaint do cromossomo Y incluindo sequências repetitivas Isabela Pimentel de Almeida Maria Dulcetti Vibranovski Mestrado
04/01/2022 Genes colocalizados: estudo de mútua regulação de biogênese entre genes codificadores e não codificadores Biblioteca Digital da USP Felipe Rodolfo Camargo dos Santos Pedro Alexandre Favoretto Galante Doutorado Direto
20/12/2021 Análise de dependência entre posições de bases de sequências motivos de fatores de transcrição aplicada à comparação de modelos baseados em Position Weight Matrix e Gramática Regular Estocástica Guilherme Miura Lavezzo Ariane Machado Lima Mestrado
24/11/2021 Desenvolvimento baseado em modelos de serviços adaptadores para ferramentas de bioinformática Ricardo Cacheta Waldemarin Clever Ricardo Guareis de Farias Doutorado
08/09/2021 Metodologia para caracterização computacional de genes codificadores de proteínas hipotéticas em Leishmania braziliensis Alef Janguas da Costa Angela Kaysel Cruz Mestrado
02/09/2021 MAGset: uma ferramenta para comparação de genomas recuperados de dados metagenômicos e sua aplicação para melhoria de suas montagens Fábio Beltrame Sanchez João Carlos Setubal Mestrado
02/09/2021 MAGset: uma ferramenta para comparação de genomas recuperados de dados metagenômicos e sua aplicação para melhoria de suas montagens Fábio Beltrame Sanchez João Carlos Setubal Mestrado
02/09/2021 MAGset:uma ferramenta para comparação de genomas recuperados de dados metagenômicos e sua aplicação para melhoria de suas montagens Biblioteca Digital da USP Fábio Beltrame Sanchez João Carlos Setubal Mestrado
29/07/2021 Investigação sistêmica da regulação de transcritos codificadores de transposases pela chaperona SmAP1 em Halobacterium salinarum Alan Péricles Rodrigues Lorenzetti Tie Koide Doutorado
20/07/2021 Meta-análise do efeito da elevada concentração de CO2 atmosférico em espécies neotropicais Janaina da Silva Fortirer Marcos Silveira Buckeridge Mestrado
06/07/2021 Integração de Bases de Dados Administrativos com Ferramentas Genômicas José Deney Alves de Araújo Helder Takashi Imoto Nakaya Doutorado
08/06/2021 Classificação e evolução de SBPs em contexto de transdução de sinal: Interação entre SBPs e Cache Aureliano Coelho Proença Guedes Robson Francisco de Souza Mestrado
30/03/2021 Análise e Reconhecimento de Padrões em Feixes Vasculares Vegetais Juliana Virginio da Silva Luciano da Fontoura Costa Mestrado
19/03/2021 Simulation of Biochemical Systems Using Constraint-Based Methods and Complex Networks Paulo Eduardo Pinto Burke Luciano da Fontoura Costa Doutorado
19/03/2021 Transcriptômica de autismo e deficiências intelectuais: uma abordagem de biologia de sistemas para identificar especificidades e convergências Bruna Garbes Gonçalves Pinto Helder Takashi Imoto Nakaya Mestrado
19/01/2021 Composição microbiana de inóculo e do composto maduro no processo de compostagem do Zoológico de São Paulo avaliada por meio de metagenômica Suzana Eiko Sato Guima João Carlos Setubal Mestrado
09/11/2020 Identificação por phage display de candidatos vacinais para esquistossomose mansônica baseada na auto-cura de macacos rhesus (<i>Macaca mulatta</i>) João Vicente de Morais Malvezzi Sergio Verjovski de Almeida Mestrado
28/09/2020 Imunologia do Câncer de Melanoma Cutâneo: Uma Abordagem de Biologia de Sistemas Mindy Stephania de Los Angeles Muñoz Miranda Helder Takashi Imoto Nakaya Doutorado Direto
08/09/2020 Comparação de redes de regulação genica da placenta em resposta a exposição ao estresse entre sexos  André Rocha Barbosa Helena Paula Brentani Doutorado
19/08/2020 Análise e reconhecimento da forma tripomastigota de Trypanosoma cruzi para parasitemia automatizada em imagens com baixa densidade de pontos Diogo Matos da Silva Helder Takashi Imoto Nakaya Mestrado
29/05/2020 Analise integrada de alterações somáticas e transcricionais em tumores de pâncreas Diogo Vieira da Silva Pellegrina Eduardo Moraes Rego Reis Doutorado
31/03/2020 Detecção de populações em dados de sequenciamento de RNA de células individuais por meio de módulos de coexpressão Biblioteca Digital da USP Tiago Lubiana Alves Helder Takashi Imoto Nakaya Mestrado
23/03/2020 Identificação e anotação de RNAs longos não-codificantes em Schistosoma mansoni e Schistosoma japonicum  Biblioteca Digital da USP Lucas Ferreira Maciel Sergio Verjovski de Almeida Mestrado
30/10/2019 Regulação pós-transcricional em Halobacterium salinarum NRC-1: caracterização do gene VNG_RS05855 Biblioteca Digital da USP Junier Marrero Gutierrez Tie Koide Doutorado
25/10/2019 GTACG: Um arcabouço computacional focado em genômica comparativa de bactérias de um mesmo ramo evolutivo Biblioteca Digital da USP Caio Rafael do Nascimento Santiago Luciano Antonio Digiampietri Doutorado
21/10/2019 Genômica comparativa aplicada no estudo da invasividade de Streptococcus pyogenes Biblioteca Digital da USP Suzane de Andrade Barboza Luciano Antonio Digiampietri Mestrado
27/09/2019 Genômica comparativa e filogenômica de <i>Xylella fastidiosa</i> Biblioteca Digital da USP Guillermo Uceda Campos Aline Maria da Silva Mestrado
04/09/2019 Análise comparativa do genoma de bacteriófagos isolados da compostagem e estudo dos determinantes de sua interação com Pseudomonas aeruginosa Biblioteca Digital da USP Fernando Pacheco Nobre Rossi Aline Maria da Silva Mestrado
22/08/2019 Análise  Estrutural de Sítios de Fosforilação em Proteína Biblioteca Digital da USP Juan Enrique Faya Castillo Paulo Sérgio Lopes de Oliveira Mestrado
20/08/2019 Classificação Taxonômica de Sequências obtidas com Meta-ômicas por meio de Integração de Dados Biblioteca Digital da USP Felipe Prata Lima João Carlos Setubal Doutorado
09/08/2019 Herdabilidade e Estudo de Associação Genômica Ampla (GWAS) de Atividade Física Autorreportada - uma investigação de famílias brasileiras Biblioteca Digital da USP Jean Michel Rocha Sampaio Leite Julia Maria Pavan Soler Mestrado
05/08/2019 Análise transcritômica de amostras humanas naturalmente infectadas por Chikungunya Virus Biblioteca Digital da USP Natália Baptista Cruz Helder Takashi Imoto Nakaya Mestrado
02/08/2019 Uma abordagem integrada para a construção e utilização de HMMs de perfil para análises genômicas e metagenômicas Biblioteca Digital da USP Liliane Santana Oliveira Kashiwabara Arthur Gruber Doutorado
12/07/2019 Análise transcritômica de macacos Rhesus durante infecção por Zika Vírus Biblioteca Digital da USP Mariana Araújo Pereira Helder Takashi Imoto Nakaya Mestrado
10/07/2019 Rastreando arbovírus em ambientes silvestre e urbano Biblioteca Digital da USP Marielton dos Passos Cunha Paolo Marinho de Andrade Zanotto Doutorado Direto
02/07/2019 Mineração de dados de anemia falciforme e priapismo Biblioteca Digital da USP Mina Cintho Ozahata João Eduardo Ferreira Doutorado
04/06/2019 Papel do colágeno na síndrome congênita de Zika: uma abordagem de Biologia de Sistemas Biblioteca Digital da USP Fábio Baldívia Pohl Helder Takashi Imoto Nakaya Mestrado
09/05/2019 Desenvolvimento de uma Ferramenta Computacional para Análise de Co-Expressão Gênica e sua Aplicação na Biologia de Sistemas Biblioteca Digital da USP Pedro de Sá Tavares Russo Helder Takashi Imoto Nakaya Doutorado Direto
08/05/2019 Análise da Tetramerização da Proteína CD38 por meio de Docking Molecular Biblioteca Digital da USP Jadson Carlos dos Santos Silvana Giuliatti Mestrado
27/03/2019 Ordenação evolutiva de genes Biblioteca Digital da USP Pedro Ivo Gomes de Faria João Carlos Setubal Doutorado Direto
27/02/2019 Identificação e anotação funcional de novos transcritos com expressão alterada no câncer pancreático Biblioteca Digital da USP Omar Julio Sosa Eduardo Moraes Rego Reis Doutorado Direto
22/02/2019 Construção e Aplicação de HMMs de Perfil para a Detecção e Classificação de Vírus Biblioteca Digital da USP Miriã Nunes Guimarães Arthur Gruber Mestrado
07/02/2019 Predição de função para TSSaRNAs (transcritos associados a sitios de início de transcrição) em<i> Halobacterium salinarum</i> NRC-1 Biblioteca Digital da USP Yagoub Ali Ibrahim Adam Ricardo Zorzetto Nicoliello Vencio Doutorado Direto
13/12/2018 Usando Biologia de Sistemas para entender a Imunossenescência Biblioteca Digital da USP Fernando Marcon Passos Helder Takashi Imoto Nakaya Mestrado
12/12/2018 Investigação de perfis microbianos humanos e sua relação com o câncer Biblioteca Digital da USP Andrew Maltez Thomas João Carlos Setubal Doutorado
10/12/2018 Incorporação de evidências biológicas para a identificação de SNPs interferindo em sítios alvos de miRNAs Biblioteca Digital da USP Paula Prieto Oliveira Ariane Machado Lima Doutorado
26/09/2018 Transcriptoma, Sítios de Ligação para Fatores de Transcrição e Região Promotora de cana-de-açúcar Biblioteca Digital da USP Mauro de Medeiros Oliveira Glaucia Mendes Souza Doutorado
08/05/2018 Halobacterium salinarum NRC-1: Rede de Regulação Gênica e sua análise probabilística Biblioteca Digital da USP Guilherme Martins Crocetti Ricardo Zorzetto Nicoliello Vencio Mestrado
03/05/2018 Genômica comparativa de tripanossomatídeos portadores de endossimbiontes e sua implicação no genoma de Angomonas ambiguus Biblioteca Digital da USP Anderson Carvalho Morais João Marcelo Pereira Alves Mestrado
10/04/2018 Genômica Comparada e a Evolução da Defesa Química em Anfíbios Biblioteca Digital da USP Denis Jacob Machado Taran Grant Doutorado
23/03/2018 Métodos de validação tradicional e temporal aplicados à avaliação de classificadores de RNAs codificantes e não codificantes Biblioteca Digital da USP Clebiano da Costa Sá Ariane Machado Lima Mestrado
15/03/2018 Redes Neurais Residuais Profundas e Autômatos Celulares como Modelos para Predição que Fornecem Informação Sobre a Formação de Estruturas Secundárias Proteicas. Biblioteca Digital da USP José Geraldo de Carvalho Pereira Paulo Sérgio Lopes de Oliveira Doutorado
08/02/2018 BioNetStat: Uma ferramenta para análise diferencial de redes biológicas Biblioteca Digital da USP Vinícius Jardim Carvalho Marcos Silveira Buckeridge Mestrado
06/02/2018 Detecção de<i> Copy Number Variation (CNV)</i> e sua caracterização na população brasileira  Biblioteca Digital da USP Ana Cláudia Martins Ciconelle Julia Maria Pavan Soler Mestrado
14/12/2017 Systems Integration Tool: uma ferramenta para integração e visualização de dados em larga escala e sua aplicação em cana-de-açúcar Amanda Rusiska Piovezani Marcos Silveira Buckeridge Doutorado
27/11/2017 Análise Transcricional de RNAs Não Codificadores Longos em Pacientes com Dengue Biblioteca Digital da USP Matheus Carvalho Bürger Helder Takashi Imoto Nakaya Mestrado
24/11/2017 Análise do transcritoma de Haemophilus influenzae tipo b durante o processo de fermentação em biorreator Biblioteca Digital da USP Carlos Eduardo Madureira Trufen Anatoli Iambartsev Mestrado
24/11/2017 Determinação pré-natal não invasiva de paternidade utilizando micro-haplótipos Biblioteca Digital da USP Jaqueline Yu Ting Wang Helder Takashi Imoto Nakaya Mestrado
22/11/2017 Arquitetura genética dos genes codificadores de proteínas ligantes de RNA Biblioteca Digital da USP Fernando Cipriano de Andrade Oliveira André Fujita Doutorado
30/10/2017 Análise do transcritoma do mexilhão marrom (Perna perna) sob contaminação por antraceno Biblioteca Digital da USP Jhonatas Sirino Monteiro João Carlos Setubal Mestrado
27/10/2017 Predição Computacional de Sítios de Ligação de Fatores de Transcrição Baseada em Gramáticas Regulares Estocásticas. Biblioteca Digital da USP Antonio Ferrão Neto Ariane Machado Lima Mestrado
20/10/2017 Modelagem e implementação de banco de dados clínicos e moleculares de pacientes com câncer e seu uso para identificação de marcadores em câncer de pâncreas Biblioteca Digital da USP Ester Risério Matos Bertoldi Eduardo Moraes Rego Reis Mestrado
09/10/2017 Estruturas de Redes em Ossos ao longo do desenvolvimento Biblioteca Digital da USP Cynthia Martins Villar Couto Luciano da Fontoura Costa Doutorado
10/08/2017 O papel de Transferência Horizontal de Genes na história evolutiva de duas classes de genes em bactérias Biblioteca Digital da USP Luiz Thibério Lira Diniz Rangel João Carlos Setubal Doutorado
09/08/2017 "Uso de técnicas de reconhecimento de padrões e genetica para a predição de transtornos psiquiatricos da infância" Biblioteca Digital da USP Walkiria Karla Resende Helena Paula Brentani Mestrado
08/08/2017 Identificação e análise<i> in silico</i> de ncRNAs empregando dados de RNA-seq em Leishmania. Biblioteca Digital da USP Patrícia de Cássia Ruy Angela Kaysel Cruz Doutorado
04/08/2017 Alinhamento Múltiplo de Genomas de Eucariotos com Montagens Altamente Fragmentadas Biblioteca Digital da USP George Willian Condomitti Epamino João Carlos Setubal Mestrado
12/06/2017 Caravela: um navegador para metagenomas Biblioteca Digital da USP Gianluca Major Machado da Silva João Carlos Setubal Mestrado
02/06/2017 O transcritoma da retinopatia induzida por oxigênio e uma assinatura gênica prognóstica baseada em angiogênese para predição de recidiva de cancer de mama Biblioteca Digital da USP Rodrigo Guarischi Mattos Amaral de Sousa João Carlos Setubal Doutorado
17/04/2017 Um modelo Bayesiano de Meta-Análise para dados de Chip-Seq Biblioteca Digital da USP Pablo de Morais Andrade Carlos Alberto de Braganca Pereira Doutorado Direto
11/04/2017 LincRNAs fisicamente associados ao receptor de andrógeno modificam o perfil de marcas da cromatina vizinha e alteram a expressão gênica local Biblioteca Digital da USP Lucas Ferreira da Silva Sergio Verjovski de Almeida Doutorado
10/04/2017 COARSE-GRAINED MODELING OF THE PROTEIN COMPLEXATION PHENOMENA Biblioteca Digital da USP Sergio Alejandro Poveda Cuevas Fernando Luis Barroso da Silva Mestrado
21/02/2017 Análise de transcritomas de células de pacientes xeroderma pigmentosum após irradiação com luz UVA e estudo de retrocópias de genes de reparo Biblioteca Digital da USP Francisco Ivanio Arruda Alves Carlos Frederico Martins Menck Mestrado
15/02/2017 A transcrição pervasiva na archaea Halobacterium salinarum NRC-1 e a identificação de novos transcritos Biblioteca Digital da USP Felipe ten Caten Tie Koide Doutorado Direto
24/01/2017 Estudo por simulação computacional em larga escala da complexação de proteínas do leite   Biblioteca Digital da USP Lariani Aparecida Delboni Fernando Luis Barroso da Silva Mestrado
21/12/2016 Análise exploratória de genes compostos predominantemente por microexons arranjados em tandem em uma coleção de anotações de genomas  Biblioteca Digital da USP Bruno Ferreira de Souza Sergio Verjovski de Almeida Mestrado
09/12/2016 Análise computacional dos genomas de duas estirpes brasileiras de Bradyrhizobium de importância econômica Biblioteca Digital da USP Gesiele Almeida Barros de Carvalho Marie Anne van Sluys Doutorado
18/11/2016 Análise computacional da diversidade viral presente na comunidade microbiana do processo de compostagem do Zoológico de São Paulo Biblioteca Digital da USP Deyvid Emanuel Amgarten João Carlos Setubal Mestrado
17/11/2016 Análise do Metaboloma da Cana-de-Açúcar ao Longo do Ciclo de Maturação da Planta Biblioteca Digital da USP Davi Toshio Inada Glaucia Mendes Souza Mestrado
13/10/2016 Estudo comparativo de duas estratégias utilizadas na busca de relações funcionais entre genes Biblioteca Digital da USP Juan Manuel Vidal Garcia André Fujita Mestrado
06/10/2016 Origem de genes recentes, uma abordagem com PSSMs deterioradas e arquiteturas de domínio proteico Biblioteca Digital da USP Diego Trindade de Souza Sergio Russo Matioli Doutorado
12/08/2016 Suporte ao desenvolvimento e à composição de serviços web semânticos para a análise de expressão gênica Biblioteca Digital da USP Gabriela Der Agopian Guardia Clever Ricardo Guareis de Farias Doutorado Direto
08/08/2016 Uma Arquitetura de Question-Answering Instanciada no Domínio  de Doenças Crônicas Biblioteca Digital da USP Luciana Farina Almansa Alessandra Alaniz Macedo Mestrado
28/07/2016 Análise global da expressão de RNAs não codificadores no sistema imunológico humano na senescência e sepse Diogo Vieira da Silva Pellegrina Eduardo Moraes Rego Reis Mestrado
15/07/2016 Bioinformática aplicada à biologia sistêmica para a identificação dos fatores regulatórios do acúmulo de sacarose no colmo da cana-de-açúcar Biblioteca Digital da USP Fabrício Edgar de Moraes Carlos Alberto Labate Doutorado
25/05/2016 Desenvolvimento de um pipeline para anáise genômica de metilação do DNA Biblioteca Digital da USP Henrique Cursino Vieira Helena Paula Brentani Mestrado
02/05/2016 Integração de dados na inferência de redes de genes: avaliação de informações biológicas e características topológicas Biblioteca Digital da USP Fábio Fernandes da Rocha Vicente Fabricio Martins Lopes Doutorado
25/04/2016 Identificação <i>in silico </i>de ncRNAs no organismo modelo <i>Halobacterium salinarum</i> NRC-1 Biblioteca Digital da USP Marcos Abraão de Souza Fonseca Ricardo Zorzetto Nicoliello Vencio Doutorado
25/04/2016 Caracterização de sítios conformacionais de fosforilação em proteínas Biblioteca Digital da USP Felipe Augusto Nunes Ferraz Paulo Sérgio Lopes de Oliveira Mestrado
20/04/2016 Caracterização e modelagem da atividade eletrofisiológica em pacientes com epilepsia Biblioteca Digital da USP Abner Cardoso Rodrigues Neto Koichi Sameshima Doutorado
15/04/2016 Reconstrução da rede metabólica em escala genômica da bactéria Burkholderia sacchari Biblioteca Digital da USP Paulo Moisés Raduan Alexandrino André Fujita Mestrado
29/03/2016 Desenvolvimento de um modelo biofísico para a descrição do processo de reparo de quebra-dupla em DNA Biblioteca Digital da USP Aymara Martínez Aragón Joao Dias de Toledo Arruda Neto Doutorado Direto
18/03/2016 Processamento, extração de características e análise morfométrica automatizada de fibras mielínicas Biblioteca Digital da USP Rômulo Bourget Novas Joaquim Cezar Felipe Mestrado
11/12/2015 Ferramenta computacional para análise integrada de dados clínicos e biomoleculares Biblioteca Digital da USP Yuri Ferretti Joaquim Cezar Felipe Mestrado
03/12/2015 Implementação de abordagens computacionais para identificação de RNAs longos não codificadores envolvidos na diferenciação neural Biblioteca Digital da USP Gabriel Francisco Zaniboni Eduardo Moraes Rego Reis Mestrado
30/11/2015 Algoritmos evolutivos aplicados na investigação da adaptabilidade do código genético Biblioteca Digital da USP Lariza Laura de Oliveira Renato Tinós Doutorado
17/11/2015 Implementação de uma abordagem híbrida utilizando modelagem comparativa e<i> ab initio</i> para predição de estruturas tridimensionais de proteínas contendo múltiplos domínios com conectores flexíveis  Biblioteca Digital da USP Rodrigo Vargas Honorato Paulo Sérgio Lopes de Oliveira Doutorado Direto
13/10/2015 Análise de componentes esparsos locais com aplicações em ressonância magnética funcional Biblioteca Digital da USP Gilson Vieira Luíz Antonio Baccala Doutorado
08/10/2015 Busca de variantes em sequência de DNA proveniente de pacientes com deficiência em processos de reparo do genoma Biblioteca Digital da USP Livia Maria Silva Moura Carlos Frederico Martins Menck Mestrado
06/10/2015 Caracterização da estrutura e dinâmica das redes funcionais neurais durante um processo de indução anestésica Biblioteca Digital da USP Eduardo Cocca Padovani André Fujita Mestrado
23/09/2015 Reconstrução e análise de genomas de bactérias de compostagem a partir de dados metagenômicos Biblioteca Digital da USP Leandro Nascimento Lemos João Carlos Setubal Mestrado
21/09/2015 Suporte ao desenvolvimento e à integração de ontologias no domínio biomédico Biblioteca Digital da USP Ricardo Cacheta Waldemarin Clever Ricardo Guareis de Farias Mestrado
02/09/2015 Exploração de espaços de parâmetros de modelos biológicos sob diferentes paradigmas estatisticos Biblioteca Digital da USP Andre Chalom Machado de Oliveira Paulo Inácio de Knegt López de Prado Mestrado
21/08/2015 Análise computacional da variação do potencial metabólico microbiano em metagenomas Biblioteca Digital da USP Deibs Barbosa João Carlos Setubal Doutorado
17/08/2015 Modelagem computacional de famílias de proteínas microbianas relevantes para produção de bioenergia Biblioteca Digital da USP Fernanda Orpinelli Ramos do Rego João Carlos Setubal Mestrado
22/07/2015 Uma abordagem integrativa usando dados de interação proteína-proteína e estudos genéticos para priorizar genes e funções biológicas em transtorno de déficit de atenção e hiperatividade Biblioteca Digital da USP Leandro de Araujo Lima Helena Paula Brentani Doutorado
30/06/2015 Uma abordagem de integração de dados de redes PPI e expressão gência para priorizar genes relacionados a doenças complexas Biblioteca Digital da USP Sérgio Nery Simões Ronaldo Fumio Hashimoto Doutorado Direto
13/04/2015 Desenvolvimento da plataforma CaneRegNet para anotação funcional e análises do transcriptoma da cana-de-açúcar Biblioteca Digital da USP Milton Yutaka Nishiyama Junior Glaucia Mendes Souza Doutorado Direto
04/02/2015 Utilização de informações termodinâmicas e estruturais na predição de sítios de ligação de receptores nucleares ao DNA: uma abordagem computacional Biblioteca Digital da USP Ana Claudia Mancusi Valeije Paulo Sérgio Lopes de Oliveira Mestrado
05/12/2014 Caracterização de processos evolutivos de vírus de RNA a partir de padrões deixados nas filogenias virais Biblioteca Digital da USP Caio César de Melo Freire Paolo Marinho de Andrade Zanotto Doutorado Direto
01/12/2014 Análise gênica de comorbidades a partir da integração de dados epidemiológicos Biblioteca Digital da USP Karla Ferraz Néto Evandro Eduardo Seron Ruiz Mestrado
19/08/2014 Infraestrutura computacional para avaliação de similaridade funcional composta entre microRNAs baseada em ontologias Biblioteca Digital da USP Mariana Yuri Sasazaki Joaquim Cezar Felipe Mestrado
15/05/2014 Framework para classificação das mutações de vírus HIV Biblioteca Digital da USP Mina Cintho Ozahata João Eduardo Ferreira Mestrado
14/04/2014 Metodologia para integração de dados genômicos, transcriptômicos e epigenéticos de câncer de pênis Biblioteca Digital da USP Fabio Albuquerque Marchi Silvia Regina Rogatto Doutorado Direto
12/12/2013 Explorando a complexidade do transcriptoma humano Biblioteca Digital da USP José Eduardo Kroll Sandro José de Souza Doutorado
07/11/2013 Troost - Busca de interações entre trios de SNPs em estudos de associação de genoma inteiro Biblioteca Digital da USP José Osório de Oliveira Azevedo Neto Sergio Russo Matioli Doutorado Direto
25/10/2013 Sifter-T: Um framework escalável para anotação filogenômica probabilística funcional de domínios protéicos Biblioteca Digital da USP Danillo Cunha de Almeida e Silva Ricardo Zorzetto Nicoliello Vencio Mestrado
17/10/2013 Busca guiada de patentes de Bioinformática Biblioteca Digital da USP Marcio Branquinho Dutra Alessandra Alaniz Macedo Mestrado
24/09/2013 Um filtro iterativo utilizando árvores de decisão Biblioteca Digital da USP Oscar Picchi Netto José Augusto Baranauskas Mestrado
12/09/2013 SIMTar: uma ferramenta para predição de SNPs interferindo em sítios alvos de microRNAs Amanda Rusiska Piovezani Ariane Machado Lima Mestrado
30/08/2013 Uma adaptação do método <i>Binary Relevance</i> utilizando árvores de decisão para problemas de classificação multirrótulo aplicado à genômica funcional Biblioteca Digital da USP Erica Akemi Tanaka José Augusto Baranauskas Mestrado
27/08/2013 Uma abordagem para a construção de uma única árvore a partir de uma <i>Random Forest</i> para classificação de bases de expressão gênica Biblioteca Digital da USP Thais Mayumi Oshiro José Augusto Baranauskas Mestrado
13/08/2013 Caracterização <i>in silico</i> e análise de expressão de RNAs não codificadores longos no genoma de eucariotos Biblioteca Digital da USP Vinicius Ramos Henriques Maracajá Coutinho Sergio Verjovski de Almeida Doutorado Direto
24/06/2013 Análise<i> in silico</i> de regiões promotoras de genes de <i>Xylella fastidiosa</i> Biblioteca Digital da USP Fernando Domingues Kümmel Tria Aline Maria da Silva Mestrado
17/06/2013 Método de apoio à pesquisa e ao diagnóstico clínico na identificação de acometimento em diferentes tipos de fibras musculares por meio de imagens histopatológicas Biblioteca Digital da USP Marlon Polo de Melo Joaquim Cezar Felipe Mestrado
06/02/2013 Genômica translacional: integrando dados clínicos e biomoleculares Biblioteca Digital da USP Newton Shydeo Brandão Miyoshi Joaquim Cezar Felipe Mestrado
25/10/2012 Estudo da poliadenilação alternativa: efeito dos polimorfismos nos elementos em <i>cis </i>no RNA e de transcritos em antissenso Biblioteca Digital da USP Suzana Andreoli Marques Ezquina Sandro José de Souza Doutorado Direto
17/10/2012 Dinâmica da fermentação alcóolica: aplicação de redes booleanas na dinâmica de expressão gênica em linhagens de <i>Saccharomyces Cerevisiae</i> durante o processo fermentativo Biblioteca Digital da USP Melline Fontes Noronha Ronaldo Fumio Hashimoto Mestrado
05/10/2012 Inovações em técnicas de alinhamentos múltiplos e predições de genes Biblioteca Digital da USP Vitor Ferreira Onuchic Alan Mitchell Durham Mestrado
28/09/2012 Função de avaliação dinâmica em algoritmos genéticos aplicados na predição de estruturas tridimensionais de proteínas Biblioteca Digital da USP Luís Henrique Uchida Ishivatari Renato Tinós Mestrado
17/07/2012 Auto-organização da população em sistemas imunológicos artificiais aplicada ao <i>docking</i> de proteínas Biblioteca Digital da USP Helder Ken Shimo Renato Tinós Mestrado
29/05/2012 Método para auxiliar a interpretação de clusters de expressão gênica considerando sumarização automática Biblioteca Digital da USP Daniane Silva de Paula Alessandra Alaniz Macedo Mestrado
23/05/2012 Descrição da proveniência de dados para extração de conhecimento em sistemas de informação de hemoterapia Biblioteca Digital da USP Fernanda Nascimento Almeida Ester Cerdeira Sabino Doutorado
18/04/2012 Uma abordagem para a indução de árvores de decisão voltada para dados de expressão gênica Biblioteca Digital da USP Pedro Santoro Perez José Augusto Baranauskas Mestrado
13/04/2012 Bioinformática aplicada em RNomics: estratégias computacionais para caracterização de RNAs não-codificadores Biblioteca Digital da USP Alexandre Rossi Paschoal Alan Mitchell Durham Doutorado
13/04/2012 Uso de mapeamento conceitual para redução da descontinuidade semântica na recuperação de imagens microscópicas de carcinoma tireoidiano Biblioteca Digital da USP Hugo César Pessotti Alessandra Alaniz Macedo Mestrado
02/04/2012 Análise computacional do genoma e transcritoma de <i>Plasmodium vivax</i>: contribuições da bioinformática para o estudo da malária Biblioteca Digital da USP Bruna Renata Silva Corrêa Ricardo Zorzetto Nicoliello Vencio Mestrado
06/03/2012 Representação paramétrica de famílias de redes booleanas que produzem ondas de propagação Biblioteca Digital da USP Ubiratan Augusto Lima Junior Barrera Mestrado
15/12/2011 Uma abordagem baseada em ontologias e conectores para a integração semântica de ferramentas de análise de expressão gênica Biblioteca Digital da USP Flavia Akemi Miyazaki Clever Ricardo Guareis de Farias Mestrado
28/11/2011 Auxílio na prevenção de doenças crônicas por meio de mapeamento e relacionamento conceitual de informações em biomedicina Biblioteca Digital da USP Juliana Tarossi Pollettini Alessandra Alaniz Macedo Mestrado
24/11/2011 Método para processamento e análise computacional de imagens histopatológicas visando apoiar o diagnóstico de câncer de colo de útero Biblioteca Digital da USP Gisele Helena Barboni Miranda Joaquim Cezar Felipe Mestrado
08/07/2011 Modelagem matemática-computacional da conectividade cerebral em ressonância magnética funcional para o estudo do estado de repouso Biblioteca Digital da USP Gilson Vieira Luíz Antonio Baccala Mestrado
25/05/2011 Desenvolvimento de um algoritmo para identificação e caracterização de cavidades em regiões específicas de estruturas tridimensionais de proteínas Biblioteca Digital da USP Saulo Henrique Pires de Oliveira Paulo Sérgio Lopes de Oliveira Mestrado
20/05/2011 Uso de estratégias baseadas em conhecimento para algoritmos genéticos aplicados à predição de estruturas tridimensionais de proteínas Biblioteca Digital da USP Lariza Laura de Oliveira Renato Tinós Mestrado
20/04/2011 Canalização: fenótipos robustos como consequência de características da rede de regulação gênica Biblioteca Digital da USP Vitor Hugo Louzada Patricio Ronaldo Fumio Hashimoto Mestrado
21/02/2011 Redes complexas de expressão gênica: síntese, identificação, análise e aplicações Biblioteca Digital da USP Fabricio Martins Lopes Roberto Marcondes Cesar Junior Doutorado
03/11/2010 Seleção natural no vírus da hepatite C: influência do sistema imune na resposta ao tratamento Biblioteca Digital da USP Artur Trancoso Lopo de Queiroz Sergio Russo Matioli Doutorado Direto
29/07/2010 Medidas de dependência entre séries temporais: estudo comparativo, análise estatística e aplicações em neurociências Biblioteca Digital da USP Carlos Stein Naves de Brito Koichi Sameshima Mestrado
16/04/2010 Aplicação de métodos estatísticos e computacionais para o estudo da cis-regulação da expressão gênica Biblioteca Digital da USP Marcio Augusto Afonso de Almeida Paulo Sérgio Lopes de Oliveira Doutorado Direto
11/02/2010 Identificação de transferência gênica horizontal em procariotos, estudo do regulon SOS de <i>Caulobacter crescentus</i> e análise estatística de colocalização de posições genômicas Biblioteca Digital da USP Apuã César de Miranda Paquola Carlos Frederico Martins Menck Doutorado Direto
01/12/2009 Abordagem algébrica para seleção de clones ótimos em projetos genomas e metagenomas Biblioteca Digital da USP Mauricio Egidio Cantão Eliana Gertrudes Macedo Lemos Doutorado Direto
12/05/2009 Planejamento, gerenciamento e análise de dados de microarranjos de DNA para identificação de biomarcadores de diagnóstico e prognóstico de cânceres humanos Biblioteca Digital da USP Ana Carolina Quirino Simões Aline Maria da Silva Doutorado Direto
06/05/2009 Técnicas para análise do crescimento e movimento das células neurais Biblioteca Digital da USP Leandro Carrijo Cintra Luciano da Fontoura Costa Doutorado Direto
15/01/2009 Medidas de fluxo de informação com aplicação em neurociência Biblioteca Digital da USP Daniel Yasumasa Takahashi Koichi Sameshima Doutorado Direto
11/12/2008 Análise da via de regulação gênica por ácido retinóico: uma abordagem por bioinformática e biologia estrutural Biblioteca Digital da USP Tiago José Paschoal Sobreira Paulo Sérgio Lopes de Oliveira Doutorado Direto
02/12/2008 Identificação<i> in-silico </i>de genes humanos submetidos à expressão alélica diferencial Biblioteca Digital da USP Jorge Estefano Santana de Souza Sandro José de Souza Doutorado Direto
25/09/2008 Morfometria computacional de frangos de corte submetidos a duas dietas distintas: suplementação mineral quelada versus suplementação mineral tradicional Biblioteca Digital da USP Rafael Carvalho de Oliveira Marcelo Emílio Beletti Doutorado Direto
03/09/2008 Métodos estatísticos para a análise de bibliotecas digitais de expressão gênica Biblioteca Digital da USP Leonardo Varuzza Carlos Alberto de Braganca Pereira Doutorado Direto
13/05/2008 Sistema colaborativo para armazenamento e análise de dados de HIV Biblioteca Digital da USP Luciano Vieira de Araújo João Eduardo Ferreira Doutorado
25/04/2008 Modelos discretos para sistemas de sinalização celular baseados no contato célula-célula Biblioteca Digital da USP Luiz Carlos da Silva Rozante Marco Dimas Gubitoso Doutorado
14/04/2008 Representação de sistemas biológicos a partir de sistemas dinâmicos: controle da transcrição a partir do estrógeno Biblioteca Digital da USP Marcelo Ris Junior Barrera Doutorado
14/02/2008 Análise computacional da expressão gênica no parasita protostomado Schistosoma mansoni. Biblioteca Digital da USP Thiago Motta Venancio Sergio Verjovski de Almeida Doutorado
20/12/2007 Métodos computacionais para a caracterização e análise da relação entre anatomia e expressão gênica em sistemas biológicos. Biblioteca Digital da USP Bruno Augusto Nassif Travençolo Luciano da Fontoura Costa Doutorado Direto
10/12/2007 Bioinformática estrutural de proteínas modificadas por eventos de splicing alternativo Biblioteca Digital da USP Elza Helena Andrade Barbosa Durham Sandro José de Souza Doutorado
03/10/2007 "Seleção de modelos através de um teste de hipótese genuinamente Bayesiano: misturas de normais multivariadas e hipóteses separadas" Biblioteca Digital da USP Marcelo de Souza Lauretto Julio Michael Stern Doutorado
10/08/2007 "Análise de dados de expressão gênica: normalização de microarrays e modelagem de redes regulatórias" Biblioteca Digital da USP André Fujita Carlos Eduardo Ferreira Doutorado Direto
27/06/2007 Modelagem do controle gênico do ciclo celular por redes genéticas probabilísticas Biblioteca Digital da USP Nestor Walter Trepode Junior Barrera Doutorado
30/05/2007 "Fatores moleculares da determinação do sexo e casta e evolução de famílias multigênicas na abelha eusocial Apis mellifera" Biblioteca Digital da USP Alexandre dos Santos Cristino Zila Luz Paulino Simoes Doutorado
16/05/2007 Implicações funcionais de eventos de splicing alternativo no proteoma humano Biblioteca Digital da USP Fabio Passetti Paulo Sérgio Lopes de Oliveira Doutorado
23/03/2007 Métodos estatísticos para a análise de dados de cDNA microarray em um ambiente computacional integrado Biblioteca Digital da USP Gustavo Henrique Esteves Eduardo Jordao Neves Doutorado
19/01/2007 Cadeias estocásticas parcimoniosas com aplicações à classificação e filogenia das seqüências de proteínas Biblioteca Digital da USP Florencia Graciela Leonardi Jefferson Antonio Galves Doutorado Direto
16/01/2007 Análise e reconhecimento digital de formas biológicas para o diagnóstico automático de parasitas do gênero Eimeria Biblioteca Digital da USP Cesar Armando Beltran Castañon Arthur Gruber Doutorado
20/12/2006 Predição de RNAs não codificantes e sua aplicação na busca do componente RNA da telomerase Biblioteca Digital da USP Ariane Machado Lima Alan Mitchell Durham Doutorado
09/11/2006 Um novo modelo para cálculo de probabilidade de paternidade - concepção e implementação Biblioteca Digital da USP Fábio Nakano Carlos Alberto de Braganca Pereira Doutorado
01/09/2006 Análise estatística na interpretação de imagens: microarranjos de DNA e ressonância magnética funcional Biblioteca Digital da USP Ricardo Zorzetto Nicoliello Vencio Carlos Alberto de Braganca Pereira Doutorado